ข่าว

ในทศวรรษที่ผ่านมา เทคโนโลยีการหาลำดับยีนถูกนำมาใช้อย่างแพร่หลายในการวิจัยโรคมะเร็งและการปฏิบัติทางคลินิก จนกลายเป็นเครื่องมือสำคัญในการเปิดเผยลักษณะทางโมเลกุลของมะเร็ง ความก้าวหน้าในการวินิจฉัยระดับโมเลกุลและการรักษาแบบมุ่งเป้าได้ส่งเสริมการพัฒนาแนวคิดการรักษาเนื้องอกที่แม่นยำ และนำมาซึ่งการเปลี่ยนแปลงครั้งใหญ่ในสาขาการวินิจฉัยและการรักษาเนื้องอกทั้งหมด การทดสอบทางพันธุกรรมสามารถใช้เพื่อเตือนความเสี่ยงของมะเร็ง ชี้นำการตัดสินใจในการรักษา และประเมินการพยากรณ์โรค และเป็นเครื่องมือสำคัญในการปรับปรุงผลลัพธ์ทางคลินิกของผู้ป่วย ในที่นี้ เราได้สรุปบทความล่าสุดที่ตีพิมพ์ในวารสาร CA Cancer J Clin, JCO, Ann Oncol และวารสารอื่นๆ เพื่อทบทวนการประยุกต์ใช้การทดสอบทางพันธุกรรมในการวินิจฉัยและการรักษาโรคมะเร็ง

การกลายพันธุ์แบบโซมาติกและการกลายพันธุ์แบบเจิร์มไลน์ โดยทั่วไปแล้ว มะเร็งเกิดจากการกลายพันธุ์ของดีเอ็นเอ ซึ่งสามารถถ่ายทอดจากพ่อแม่ (การกลายพันธุ์แบบเจิร์มไลน์) หรือเกิดขึ้นตามอายุ (การกลายพันธุ์แบบโซมาติก) การกลายพันธุ์แบบเจิร์มไลน์เกิดขึ้นตั้งแต่กำเนิด และตัวกลายพันธุ์มักจะมีการกลายพันธุ์ในดีเอ็นเอของทุกเซลล์ในร่างกาย และสามารถถ่ายทอดไปยังลูกหลานได้ การกลายพันธุ์แบบโซมาติกเกิดขึ้นโดยเซลล์ที่ไม่ใช่แกมีติก และมักจะไม่ถ่ายทอดไปยังลูกหลาน ทั้งการกลายพันธุ์แบบเจิร์มไลน์และแบบโซมาติกสามารถทำลายการทำงานปกติของเซลล์และนำไปสู่การเปลี่ยนแปลงของเซลล์เป็นมะเร็ง การกลายพันธุ์แบบโซมาติกเป็นปัจจัยสำคัญที่ทำให้เกิดมะเร็งและเป็นตัวบ่งชี้ทางชีวภาพที่ทำนายได้ดีที่สุดในวงการมะเร็งวิทยา อย่างไรก็ตาม ประมาณ 10 ถึง 20 เปอร์เซ็นต์ของผู้ป่วยมะเร็งมีการกลายพันธุ์แบบเจิร์มไลน์ซึ่งเพิ่มความเสี่ยงต่อมะเร็งอย่างมีนัยสำคัญ และการกลายพันธุ์เหล่านี้บางส่วนยังใช้เพื่อการรักษาได้อีกด้วย
การกลายพันธุ์ของผู้ขับขี่และการกลายพันธุ์ของผู้โดยสาร การกลายพันธุ์ของดีเอ็นเอไม่ได้ส่งผลกระทบต่อการทำงานของเซลล์เสมอไป โดยเฉลี่ยแล้ว ต้องใช้เวลาห้าถึงสิบเหตุการณ์ทางพันธุกรรมที่เรียกว่า "การกลายพันธุ์ของผู้ขับขี่" จึงจะกระตุ้นให้เซลล์เสื่อมลงตามปกติ การกลายพันธุ์ของผู้ขับขี่มักเกิดขึ้นในยีนที่เกี่ยวข้องอย่างใกล้ชิดกับกิจกรรมของเซลล์ เช่น ยีนที่เกี่ยวข้องกับการควบคุมการเจริญเติบโตของเซลล์ การซ่อมแซมดีเอ็นเอ การควบคุมวัฏจักรเซลล์ และกระบวนการอื่นๆ ของชีวิต และมีศักยภาพที่จะถูกนำมาใช้เป็นเป้าหมายในการรักษา อย่างไรก็ตาม จำนวนการกลายพันธุ์ทั้งหมดในมะเร็งใดๆ ก็ตามค่อนข้างมาก ตั้งแต่ไม่กี่พันครั้งในมะเร็งเต้านมบางชนิด ไปจนถึงมากกว่า 100,000 ครั้งในมะเร็งลำไส้ใหญ่และทวารหนักและเยื่อบุโพรงมดลูกบางชนิดที่มีความแปรปรวนสูง การกลายพันธุ์ส่วนใหญ่ไม่มีหรือมีนัยสำคัญทางชีวภาพจำกัด แม้ว่าการกลายพันธุ์จะเกิดขึ้นในบริเวณรหัสพันธุกรรม (coding region) เหตุการณ์การกลายพันธุ์ที่ไม่มีนัยสำคัญดังกล่าวเรียกว่า "การกลายพันธุ์ของผู้โดยสาร" หากยีนในเนื้องอกชนิดใดชนิดหนึ่งทำนายการตอบสนองหรือการดื้อต่อการรักษาได้ ยีนดังกล่าวจะถือว่าสามารถผ่าตัดได้ทางคลินิก
ออนโคยีนและยีนยับยั้งเนื้องอก ยีนที่มักกลายพันธุ์ในมะเร็งสามารถแบ่งคร่าวๆ ได้เป็นสองประเภท คือ ออนโคยีนและยีนยับยั้งเนื้องอก ในเซลล์ปกติ โปรตีนที่ออนโคยีนเข้ารหัสมีบทบาทหลักในการส่งเสริมการเพิ่มจำนวนเซลล์และยับยั้งการตายของเซลล์แบบอะพอพโทซิส ในขณะที่โปรตีนที่ออนโคยีนยับยั้งเนื้องอกมีหน้าที่หลักในการควบคุมการแบ่งตัวของเซลล์ในทางลบเพื่อรักษาการทำงานของเซลล์ให้เป็นปกติ ในกระบวนการเปลี่ยนสภาพเป็นมะเร็ง การกลายพันธุ์ของจีโนมนำไปสู่การเพิ่มกิจกรรมของออนโคยีนและลดหรือสูญเสียกิจกรรมของยีนยับยั้งเนื้องอก
ความแปรปรวนขนาดเล็กและความแปรปรวนเชิงโครงสร้าง การกลายพันธุ์ในจีโนมมีสองประเภทหลัก ความแปรปรวนขนาดเล็กจะเปลี่ยนแปลงดีเอ็นเอโดยการเปลี่ยนแปลง ลบ หรือเพิ่มเบสจำนวนเล็กน้อย รวมถึงการแทรกเบส การลบ การเลื่อนเฟรม การสูญเสียโคดอนเริ่มต้น การสูญเสียโคดอนหยุด เป็นต้น ความแปรปรวนเชิงโครงสร้างคือการจัดเรียงตัวใหม่ของจีโนมขนาดใหญ่ ซึ่งเกี่ยวข้องกับส่วนของยีนที่มีขนาดตั้งแต่ไม่กี่พันเบสไปจนถึงส่วนใหญ่ของโครโมโซม ซึ่งรวมถึงการเปลี่ยนแปลงจำนวนสำเนายีน การลบโครโมโซม การทำซ้ำ การกลับด้าน หรือการเคลื่อนย้าย การกลายพันธุ์เหล่านี้อาจทำให้การทำงานของโปรตีนลดลงหรือเพิ่มขึ้น นอกจากการเปลี่ยนแปลงในระดับยีนแต่ละยีนแล้ว ลายเซ็นจีโนมยังเป็นส่วนหนึ่งของรายงานการจัดลำดับทางคลินิกอีกด้วย ลายเซ็นจีโนมสามารถมองได้ว่าเป็นรูปแบบที่ซับซ้อนของความแปรปรวนขนาดเล็กและ/หรือโครงสร้าง ซึ่งรวมถึงภาระการกลายพันธุ์ของเนื้องอก (TMB) ความไม่เสถียรของไมโครแซทเทลไลต์ (MSI) และข้อบกพร่องของการรวมตัวของโฮโมโลกัส

การกลายพันธุ์แบบโคลนและการกลายพันธุ์แบบซับโคลน การกลายพันธุ์แบบโคลนพบได้ในเซลล์มะเร็งทุกชนิด พบได้ตั้งแต่การวินิจฉัย และยังคงปรากฏอยู่แม้หลังจากการรักษาก้าวหน้าไปแล้ว ดังนั้น การกลายพันธุ์แบบโคลนจึงมีศักยภาพที่จะถูกนำมาใช้เป็นเป้าหมายการรักษาเนื้องอกได้ การกลายพันธุ์แบบซับโคลนพบได้เฉพาะในเซลล์มะเร็งบางกลุ่มย่อย และอาจตรวจพบได้ตั้งแต่เริ่มการวินิจฉัย แต่จะหายไปเมื่อเกิดการกลับเป็นซ้ำในภายหลัง หรือปรากฏเฉพาะหลังการรักษาเท่านั้น ความหลากหลายของมะเร็งหมายถึงการมีการกลายพันธุ์แบบซับโคลนหลายแบบในมะเร็งชนิดเดียว โดยเฉพาะอย่างยิ่ง การกลายพันธุ์ตัวขับเคลื่อนที่สำคัญทางคลินิกส่วนใหญ่ในมะเร็งชนิดทั่วไปทั้งหมดเป็นการกลายพันธุ์แบบโคลนและยังคงมีเสถียรภาพตลอดช่วงที่มะเร็งลุกลาม ความต้านทาน ซึ่งมักเกิดจากเซลล์มะเร็งย่อย อาจไม่สามารถตรวจพบได้ในขณะที่วินิจฉัย แต่จะปรากฏขึ้นเมื่อเซลล์มะเร็งกลับมาเป็นซ้ำหลังการรักษา

เทคนิคดั้งเดิมของ FISH หรือ cell karyotype ใช้ในการตรวจหาการเปลี่ยนแปลงในระดับโครโมโซม FISH สามารถใช้ตรวจหาการรวมตัวของยีน การลบออก และการเพิ่มจำนวนยีน และถือเป็น “มาตรฐานทองคำ” สำหรับการตรวจหาตัวแปรเหล่านี้ ด้วยความแม่นยำและความไวสูง แต่ปริมาณงานมีจำกัด ในมะเร็งเม็ดเลือดบางชนิด โดยเฉพาะมะเร็งเม็ดเลือดขาวเฉียบพลัน การตรวจ karyotype ยังคงถูกใช้เพื่อนำทางการวินิจฉัยและการพยากรณ์โรค แต่เทคนิคนี้กำลังค่อยๆ ถูกแทนที่ด้วยการทดสอบโมเลกุลแบบกำหนดเป้าหมาย เช่น FISH, WGS และ NGS
การเปลี่ยนแปลงของยีนแต่ละตัวสามารถตรวจพบได้ด้วย PCR ทั้งแบบเรียลไทม์ PCR และดิจิทัลดรอป PCR เทคนิคเหล่านี้มีความไวสูง เหมาะอย่างยิ่งสำหรับการตรวจจับและติดตามรอยโรคขนาดเล็กที่ยังหลงเหลืออยู่ และสามารถให้ผลได้ในเวลาอันสั้น ข้อเสียคือช่วงการตรวจจับมีจำกัด (โดยปกติจะตรวจจับการกลายพันธุ์ในยีนหนึ่งหรือหลายยีน) และความสามารถในการทดสอบหลายครั้งมีจำกัด
อิมมูโนฮิสโตเคมี (IHC) เป็นเครื่องมือตรวจสอบโปรตีนที่ใช้กันทั่วไปเพื่อตรวจหาการแสดงออกของไบโอมาร์กเกอร์ เช่น ERBB2 (HER2) และตัวรับเอสโตรเจน นอกจากนี้ยังสามารถใช้ IHC เพื่อตรวจหาโปรตีนกลายพันธุ์เฉพาะ (เช่น BRAF V600E) และการรวมตัวของยีนเฉพาะ (เช่น การรวมตัวของ ALK) ข้อดีของ IHC คือสามารถผสานเข้ากับกระบวนการวิเคราะห์เนื้อเยื่อตามปกติได้ง่าย จึงสามารถใช้ร่วมกับการทดสอบอื่นๆ ได้ นอกจากนี้ IHC ยังสามารถให้ข้อมูลเกี่ยวกับตำแหน่งโปรตีนในเซลล์ย่อยได้ ข้อเสียคือข้อจำกัดด้านความสามารถในการปรับขนาดและความต้องการด้านองค์กรที่สูง
การหาลำดับเบสรุ่นที่สอง (NGS) NGS ใช้เทคนิคการหาลำดับเบสแบบขนานที่มีปริมาณงานสูงเพื่อตรวจจับความแปรผันในระดับดีเอ็นเอและ/หรืออาร์เอ็นเอ เทคนิคนี้สามารถใช้หาลำดับเบสได้ทั้งจีโนม (WGS) และบริเวณยีนที่สนใจ WGS ให้ข้อมูลการกลายพันธุ์ของจีโนมที่ครอบคลุมที่สุด แต่ยังมีอุปสรรคมากมายในการนำไปใช้ทางคลินิก รวมถึงความจำเป็นในการใช้ตัวอย่างเนื้อเยื่อเนื้องอกสด (WGS ยังไม่เหมาะสำหรับการวิเคราะห์ตัวอย่างที่ตรึงด้วยฟอร์มาลิน) และค่าใช้จ่ายที่สูง
การหาลำดับเบส NGS แบบกำหนดเป้าหมายประกอบด้วยการหาลำดับเบสเอกซอนทั้งหมดและแผงยีนเป้าหมาย การทดสอบเหล่านี้ทำให้บริเวณที่สนใจมีความสมบูรณ์มากขึ้นด้วยโพรบดีเอ็นเอหรือการขยาย PCR จึงจำกัดปริมาณการหาลำดับเบสที่จำเป็น (เอกซอนทั้งหมดคิดเป็น 1 ถึง 2 เปอร์เซ็นต์ของจีโนม และแม้แต่แผงยีนขนาดใหญ่ที่มียีน 500 ยีนก็คิดเป็นเพียง 0.1 เปอร์เซ็นต์ของจีโนม) แม้ว่าการหาลำดับเบสเอกซอนทั้งหมดจะมีประสิทธิภาพดีในเนื้อเยื่อที่ตรึงด้วยฟอร์มาลิน แต่ค่าใช้จ่ายก็ยังคงสูง การผสมยีนเป้าหมายค่อนข้างประหยัดและมีความยืดหยุ่นในการคัดเลือกยีนที่จะทดสอบ นอกจากนี้ ดีเอ็นเออิสระหมุนเวียน (cfDNA) กำลังกลายเป็นทางเลือกใหม่สำหรับการวิเคราะห์จีโนมของผู้ป่วยมะเร็ง หรือที่เรียกว่าการตรวจชิ้นเนื้อด้วยของเหลว ทั้งเซลล์มะเร็งและเซลล์ปกติสามารถปล่อยดีเอ็นเอเข้าสู่กระแสเลือดได้ และดีเอ็นเอที่หลุดออกจากเซลล์มะเร็งเรียกว่าดีเอ็นเอของเนื้องอกหมุนเวียน (ctDNA) ซึ่งสามารถนำไปวิเคราะห์เพื่อตรวจหาการกลายพันธุ์ที่อาจเกิดขึ้นในเซลล์เนื้องอกได้
การเลือกวิธีการตรวจขึ้นอยู่กับปัญหาทางคลินิกเฉพาะที่ต้องการแก้ไข ไบโอมาร์กเกอร์ส่วนใหญ่ที่เกี่ยวข้องกับการรักษาที่ได้รับการรับรองสามารถตรวจพบได้ด้วยเทคนิค FISH, IHC และ PCR วิธีการเหล่านี้เหมาะสมสำหรับการตรวจหาไบโอมาร์กเกอร์ปริมาณน้อย แต่ไม่ได้เพิ่มประสิทธิภาพในการตรวจหาเมื่อปริมาณงานเพิ่มขึ้น และหากตรวจพบไบโอมาร์กเกอร์มากเกินไป อาจไม่มีเนื้อเยื่อเพียงพอสำหรับการตรวจหา ในมะเร็งบางชนิด เช่น มะเร็งปอด ซึ่งการเก็บตัวอย่างเนื้อเยื่อทำได้ยากและมีไบโอมาร์กเกอร์หลายตัวให้ทดสอบ การใช้ NGS เป็นทางเลือกที่ดีกว่า สรุปได้ว่า การเลือกวิธีการตรวจขึ้นอยู่กับจำนวนไบโอมาร์กเกอร์ที่ต้องทดสอบสำหรับผู้ป่วยแต่ละรายและจำนวนผู้ป่วยที่ต้องตรวจหาไบโอมาร์กเกอร์ ในบางกรณี การใช้ IHC/FISH ก็เพียงพอแล้ว โดยเฉพาะอย่างยิ่งเมื่อระบุเป้าหมายได้แล้ว เช่น การตรวจหาตัวรับเอสโตรเจน ตัวรับโปรเจสเตอโรน และ ERBB2 ในผู้ป่วยมะเร็งเต้านม หากจำเป็นต้องมีการสำรวจการกลายพันธุ์ของจีโนมและการค้นหาเป้าหมายการรักษาที่เป็นไปได้อย่างครอบคลุมมากขึ้น การใช้ NGS จะเป็นวิธีการที่เป็นระบบและคุ้มค่ากว่า นอกจากนี้ อาจพิจารณาใช้ NGS ในกรณีที่ผล IHC/FISH คลุมเครือหรือไม่สามารถสรุปผลได้

มีแนวทางปฏิบัติที่แตกต่างกันเกี่ยวกับผู้ป่วยที่มีสิทธิ์เข้ารับการตรวจทางพันธุกรรม ในปี พ.ศ. 2563 คณะทำงานการแพทย์แม่นยำของ ESMO ได้ออกคำแนะนำการตรวจ NGS ครั้งแรกสำหรับผู้ป่วยมะเร็งระยะลุกลาม โดยแนะนำให้ตรวจ NGS เป็นประจำสำหรับมะเร็งปอดชนิดไม่ใช่เซลล์ขนาดเล็กชนิดไม่ใช่สความัสระยะลุกลาม มะเร็งต่อมลูกหมาก มะเร็งลำไส้ใหญ่และทวารหนัก มะเร็งท่อน้ำดี และมะเร็งรังไข่ และในปี พ.ศ. 2567 ESMO ได้ปรับปรุงตามแนวทางนี้ โดยแนะนำให้รวมมะเร็งเต้านมและเนื้องอกหายาก เช่น เนื้องอกสโตรมาของระบบทางเดินอาหาร มะเร็งซาร์โคมา มะเร็งต่อมไทรอยด์ และมะเร็งที่ไม่ทราบสาเหตุ
ในปี พ.ศ. 2565 ความเห็นทางคลินิกของ ASCO เกี่ยวกับการทดสอบจีโนมทางร่างกายในผู้ป่วยมะเร็งระยะแพร่กระจายหรือระยะลุกลาม ระบุว่า หากได้รับการอนุมัติให้รักษาด้วยไบโอมาร์กเกอร์ในผู้ป่วยมะเร็งเนื้อแข็งระยะแพร่กระจายหรือระยะลุกลาม แนะนำให้ทดสอบทางพันธุกรรมสำหรับผู้ป่วยเหล่านี้ ตัวอย่างเช่น ควรทำการทดสอบจีโนมในผู้ป่วยมะเร็งเมลาโนมาระยะแพร่กระจายเพื่อคัดกรองการกลายพันธุ์ของยีน BRAF V600E เนื่องจากยาต้าน RAF และ MEK ได้รับการอนุมัติสำหรับข้อบ่งใช้นี้ นอกจากนี้ ควรทำการทดสอบทางพันธุกรรมด้วยหากมีตัวบ่งชี้การดื้อยาที่ชัดเจนสำหรับยาที่จะใช้กับผู้ป่วย ตัวอย่างเช่น Egfrmab ไม่ได้ผลในการรักษามะเร็งลำไส้ใหญ่และทวารหนักที่มีการกลายพันธุ์ของยีน KRAS เมื่อพิจารณาความเหมาะสมของผู้ป่วยสำหรับการจัดลำดับยีน ควรพิจารณาสถานะทางกายภาพ โรคร่วม และระยะของเนื้องอกของผู้ป่วย เนื่องจากขั้นตอนต่างๆ ที่จำเป็นสำหรับการจัดลำดับจีโนม ซึ่งรวมถึงความยินยอมของผู้ป่วย การประมวลผลทางห้องปฏิบัติการ และการวิเคราะห์ผลการจัดลำดับยีน ล้วนกำหนดให้ผู้ป่วยต้องมีสมรรถภาพทางกายและอายุขัยที่เพียงพอ
นอกจากการกลายพันธุ์แบบโซมาติกแล้ว มะเร็งบางชนิดควรได้รับการตรวจยีนของเชื้อพันธุ์ด้วย การตรวจหาการกลายพันธุ์ของเชื้อพันธุ์อาจมีอิทธิพลต่อการตัดสินใจรักษามะเร็ง เช่น การกลายพันธุ์ของยีน BRCA1 และ BRCA2 ในมะเร็งเต้านม มะเร็งรังไข่ มะเร็งต่อมลูกหมาก และมะเร็งตับอ่อน การกลายพันธุ์ของเชื้อพันธุ์อาจส่งผลต่อการตรวจคัดกรองและป้องกันมะเร็งในอนาคตในผู้ป่วย ผู้ป่วยที่มีแนวโน้มเหมาะสมที่จะตรวจหาการกลายพันธุ์ของเชื้อพันธุ์จำเป็นต้องมีคุณสมบัติตามเงื่อนไขบางประการ ซึ่งเกี่ยวข้องกับปัจจัยต่างๆ เช่น ประวัติครอบครัวที่เป็นมะเร็ง อายุที่ได้รับการวินิจฉัย และชนิดของมะเร็ง อย่างไรก็ตาม ผู้ป่วยหลายราย (มากถึง 50%) ที่มีการกลายพันธุ์ที่ทำให้เกิดโรคในเชื้อพันธุ์ไม่ตรงตามเกณฑ์ทั่วไปสำหรับการตรวจหาการกลายพันธุ์ของเชื้อพันธุ์โดยพิจารณาจากประวัติครอบครัว ดังนั้น เพื่อให้การระบุพาหะของการกลายพันธุ์มีประสิทธิภาพสูงสุด เครือข่ายมะเร็งแห่งชาติ (NCCN) จึงแนะนำให้ผู้ป่วยมะเร็งเต้านม มะเร็งรังไข่ มะเร็งเยื่อบุโพรงมดลูก มะเร็งตับอ่อน มะเร็งลำไส้ใหญ่และทวารหนัก หรือมะเร็งต่อมลูกหมากทั้งหมดหรือส่วนใหญ่ได้รับการตรวจตรวจหาการกลายพันธุ์ของเชื้อพันธุ์
สำหรับช่วงเวลาของการตรวจทางพันธุกรรม เนื่องจากการกลายพันธุ์ของตัวขับเคลื่อนที่มีนัยสำคัญทางคลินิกส่วนใหญ่เป็นแบบโคลนและค่อนข้างคงที่ตลอดช่วงการลุกลามของมะเร็ง จึงสมเหตุสมผลที่จะทำการตรวจทางพันธุกรรมในผู้ป่วยในขณะที่ได้รับการวินิจฉัยว่าเป็นมะเร็งระยะลุกลาม สำหรับการตรวจทางพันธุกรรมครั้งต่อไป โดยเฉพาะอย่างยิ่งหลังจากการรักษาด้วยวิธีโมเลกุลแบบกำหนดเป้าหมาย การตรวจ ctDNA มีประโยชน์มากกว่าการตรวจ DNA ของเนื้อเยื่อเนื้องอก เนื่องจาก DNA ในเลือดสามารถบรรจุ DNA จากรอยโรคเนื้องอกได้ทุกชนิด ซึ่งเอื้อต่อการได้รับข้อมูลเกี่ยวกับความหลากหลายของเนื้องอกได้ดีกว่า
การวิเคราะห์ ctDNA หลังการรักษาอาจสามารถคาดการณ์การตอบสนองของเนื้องอกต่อการรักษาและระบุการลุกลามของโรคได้เร็วกว่าวิธีการถ่ายภาพแบบมาตรฐาน อย่างไรก็ตาม ยังไม่มีการกำหนดระเบียบวิธีสำหรับการใช้ข้อมูลเหล่านี้เพื่อประกอบการตัดสินใจในการรักษา และไม่แนะนำให้ใช้การวิเคราะห์ ctDNA เว้นแต่ในการทดลองทางคลินิก ctDNA ยังสามารถใช้เพื่อประเมินรอยโรคขนาดเล็กที่เหลืออยู่หลังการผ่าตัดเนื้องอกแบบรุนแรงได้ การตรวจ ctDNA หลังการผ่าตัดเป็นเครื่องทำนายการลุกลามของโรคที่ตามมาได้อย่างแม่นยำ และอาจช่วยพิจารณาว่าผู้ป่วยจะได้รับประโยชน์จากเคมีบำบัดเสริมหรือไม่ แต่ยังไม่แนะนำให้ใช้ ctDNA นอกเหนือจากการทดลองทางคลินิกเพื่อเป็นแนวทางในการตัดสินใจเกี่ยวกับเคมีบำบัดเสริม

การประมวลผลข้อมูล ขั้นตอนแรกในการจัดลำดับจีโนมคือการสกัดดีเอ็นเอจากตัวอย่างผู้ป่วย เตรียมคลังข้อมูล และสร้างข้อมูลการจัดลำดับดิบ ข้อมูลดิบต้องผ่านการประมวลผลเพิ่มเติม ซึ่งรวมถึงการกรองข้อมูลคุณภาพต่ำ การเปรียบเทียบกับจีโนมอ้างอิง การระบุการกลายพันธุ์ประเภทต่างๆ ผ่านอัลกอริทึมการวิเคราะห์ต่างๆ การประเมินผลกระทบของการกลายพันธุ์เหล่านี้ต่อการแปลรหัสโปรตีน และการกรองการกลายพันธุ์ของเชื้อพันธุ์
คำอธิบายประกอบยีนไดรเวอร์ถูกออกแบบมาเพื่อแยกแยะการกลายพันธุ์ของไดรเวอร์และผู้โดยสาร การกลายพันธุ์ของไดรเวอร์นำไปสู่การสูญเสียหรือเพิ่มการทำงานของยีนระงับเนื้องอก การกลายพันธุ์ขนาดเล็กที่นำไปสู่การยับยั้งการทำงานของยีนระงับเนื้องอก ได้แก่ การกลายพันธุ์แบบนอนเซนส์ การกลายพันธุ์แบบเฟรมชิฟต์ และการกลายพันธุ์ที่ตำแหน่งการต่อเชื่อมที่สำคัญ รวมถึงการลบโคดอนเริ่มต้น การลบโคดอนหยุด และการกลายพันธุ์แบบแทรก/ลบอินทรอนที่หลากหลาย นอกจากนี้ การกลายพันธุ์แบบมิสเซนส์และการกลายพันธุ์แบบแทรก/ลบอินทรอนขนาดเล็กยังสามารถนำไปสู่การสูญเสียการทำงานของยีนระงับเนื้องอกเมื่อส่งผลกระทบต่อโดเมนการทำงานที่สำคัญ การกลายพันธุ์เชิงโครงสร้างที่นำไปสู่การสูญเสียการทำงานของยีนระงับเนื้องอก ได้แก่ การลบยีนบางส่วนหรือทั้งหมด และการกลายพันธุ์จีโนมอื่นๆ ที่นำไปสู่การทำลายกรอบการอ่านยีน การกลายพันธุ์ขนาดเล็กที่นำไปสู่การทำงานที่เพิ่มขึ้นของออนโคยีน ได้แก่ การกลายพันธุ์แบบมิสเซนส์ และการแทรก/ลบอินทรอนเป็นครั้งคราวซึ่งกำหนดเป้าหมายโดเมนการทำงานของโปรตีนที่สำคัญ ในบางกรณี การกลายพันธุ์ที่ตัดทอนโปรตีนหรือจุดต่อสายพันธุกรรม (splicing site) อาจนำไปสู่การกระตุ้นออนโคยีน การเปลี่ยนแปลงทางโครงสร้างที่นำไปสู่การกระตุ้นออนโคยีน ได้แก่ การหลอมรวมยีน การลบยีน และการจำลองยีน
การตีความทางคลินิกของความแปรปรวนทางจีโนมเป็นการประเมินความสำคัญทางคลินิกของการกลายพันธุ์ที่ระบุ ซึ่งได้แก่ ศักยภาพในการวินิจฉัย การพยากรณ์โรค หรือคุณค่าทางการรักษา มีระบบการให้คะแนนตามหลักฐานเชิงประจักษ์หลายระบบที่สามารถใช้เป็นแนวทางในการตีความทางคลินิกของความแปรปรวนทางจีโนมได้
ฐานข้อมูลมะเร็งวิทยาการแพทย์แม่นยำ (OncoKB) ของศูนย์มะเร็ง Memorial Sloan-Kettering ได้จำแนกความแปรผันของยีนออกเป็นสี่ระดับตามค่าการทำนายการใช้ยา ได้แก่ ระดับ 1/2 ไบโอมาร์กเกอร์ที่ได้รับการรับรองจากองค์การอาหารและยา (FDA) หรือไบโอมาร์กเกอร์มาตรฐานทางคลินิก ซึ่งทำนายการตอบสนองของข้อบ่งใช้เฉพาะต่อยาที่ได้รับอนุมัติ ระดับ 3 ไบโอมาร์กเกอร์ที่ได้รับการรับรองจากองค์การอาหารและยา (FDA) หรือไม่ได้รับการรับรอง ซึ่งทำนายการตอบสนองต่อยาเป้าหมายชนิดใหม่ที่มีประสิทธิผลในการทดลองทางคลินิก และระดับ 4 ไบโอมาร์กเกอร์ที่ไม่ได้รับการรับรองจากองค์การอาหารและยา (FDA) ซึ่งทำนายการตอบสนองต่อยาเป้าหมายชนิดใหม่ที่มีประสิทธิผลในการทดลองทางคลินิก ได้มีการเพิ่มกลุ่มย่อยที่ห้าที่เกี่ยวข้องกับการดื้อยา
แนวทางการตีความความแปรปรวนทางร่างกายของสมาคมพยาธิวิทยาโมเลกุลแห่งอเมริกา (AMP)/สมาคมมะเร็งวิทยาคลินิกแห่งอเมริกา (ASCO)/วิทยาลัยพยาธิวิทยาแห่งอเมริกา (CAP) แบ่งความแปรปรวนทางร่างกายออกเป็นสี่ประเภท ได้แก่ ระดับ 1 มีความสำคัญทางคลินิกอย่างมาก ระดับ 2 มีความสำคัญทางคลินิกที่อาจเกิดขึ้น ระดับ 3 ไม่ทราบความสำคัญทางคลินิก และระดับ 4 ไม่ทราบว่ามีความสำคัญทางคลินิก เฉพาะความแปรปรวนระดับ 1 และ 2 เท่านั้นที่มีประโยชน์ต่อการตัดสินใจในการรักษา
มาตรวัดความสามารถในการทำงานทางคลินิกเป้าหมายระดับโมเลกุล (ESCAT) ของ ESMO แบ่งประเภทของยีนออกเป็น 6 ระดับ ได้แก่ ระดับ 1 เป้าหมายที่เหมาะสมสำหรับการใช้เป็นประจำ; ระยะที่ 2 เป้าหมายที่ยังอยู่ในระหว่างการศึกษา มีแนวโน้มที่จะใช้ในการคัดกรองกลุ่มผู้ป่วยที่อาจได้รับประโยชน์จากยาเป้าหมาย แต่จำเป็นต้องมีข้อมูลเพิ่มเติมเพื่อสนับสนุน เกรด 3 ยีนเป้าหมายที่แสดงให้เห็นถึงประโยชน์ทางคลินิกในมะเร็งชนิดอื่นๆ; เกรด 4 เฉพาะยีนเป้าหมายที่ได้รับการยืนยันจากหลักฐานก่อนการทดลองทางคลินิก; เกรด 5 มีหลักฐานสนับสนุนความสำคัญทางคลินิกของการกำหนดเป้าหมายการกลายพันธุ์ แต่การรักษาด้วยยาตัวเดียวต่อเป้าหมายไม่สามารถยืดอายุการรอดชีวิต หรืออาจใช้กลยุทธ์การรักษาแบบผสมผสาน; เกรด X ขาดคุณค่าทางคลินิก